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1、溫度

因為溫度是植物組織培養中的重要因素，所以植物組織培養在最適宜的溫度下生長分化才能表現良好，大多數植物組織培養都是在23～27℃之間進行，一般采用25±2℃。低于15℃時培養，植物組織會表現生長停止，高于35℃時對植物生長不利。但是，不同植物培養的適溫不同。白鶴非的最適溫度是20℃、月季是25～27℃、番茄是28℃。溫度不僅影響植物組織培養育苗的生長速度，也影響其分化增殖以及器官建成等發育進程。如煙草芽的形成以28℃為最好，在12℃以下，33℃以上形成率皆最低。

不同培養目標采用的培養溫度也不同，百合鱗片在30℃以下再生的小鱗莖的發葉速度和百分率比在25%以下的高。桃胚在2～5℃條件進行一定時間的低溫處理，有利于提高胚培養成活率。用35℃處理草莓的莖尖分生組織3～5d，可得到無病毒苗。

2、濕度

濕度的影響包括培養容器保持和環境的濕度條件，容器內主要受培養基水分含量和封口材料的影響。前者又受瓊脂含量的影響。在冬季應當適當減少瓊脂用量，否則，將使培養基干硬，以致不利于外植體接觸或插進培養基，導致生長受阻。封口材料直接影響容器內濕度情況，但封閉性較高的封口材料易引起透氣性受阻，也會導致植物生長發育受影響。環境的相對濕度可以影響培養基的水分蒸發，一般要求70%-80%的相對濕度，常用加濕器或經常灑水的方法來調節濕度。濕度過低會使培養基喪失大量水分，導致培養基各種成分濃度的改變和滲透壓的升高，進而影響組織培養的正常進行。濕度過高時，易引起棉塞長霉，造成污染。